Huerta Chapultepec
Fue creada en 2017 por el paisajista Kees Van Rooij de KVR Arquitectura del Paisaje. Este proyecto consistió en rediseñar la propuesta de 2016 con un mayor enfoque en la exhibición permitiendo una interacción con las plantas, con la posibilidad de acercarse y oler una mezcla de plantas aromáticas, hierbas para la cocina, medicinales, hortalizas y árboles frutales; y también en otorgarle una menor dependencia a la labor intensiva de mantenimiento que requería el diseño anterior de este jardín. La pérgola genera microclimas que varían gracias al efecto de sol y sombra. Los materiales ocupados son reciclados además que se reutilizó en gran parte la vegetación, plantas y materiales existentes. Gracias a Bank of America se llevó a cabo la rehabilitación.
Tambos Vivos
Fue creado por Kathrin Grimm, Lorena Iturralde y María Pía Rosado de Aplenosol. El proyecto es una invitación a recorrer y explorar el jardín de una manera divertida, subiendo y bajando de los tambos. Para FYJA 2018 se enriqueció la paleta vegetal y se cambiaron las tapas de los tambos. Gracias a Jumex se pudo hacer la rehabilitación de este espacio. 
 
Parterres Colorados
Fue creado por Claudia Harari de Harari Landscape Architecture. Para FYJA 2018, el segundo año de vida del jardín, la pradera se complementó con dos especies herbáceas de flor: Salvia coccinea y Crocosmia crocosmiiflora, ambas altamente resistentes a condiciones extremas o adversas de temperatura, suelo y sequía, y atractivas a polinizadores debido a su flor con encendido color. Gracias a la asesoría de María José Soulé, Horticultora Ambiental se hizo el cambio de paleta vegetal. Harari Landscape Architecture donó las estructuras de metal en 2017 cuando se rehabilitó este espacio.
Yo, Conmigo
Fue diseñado por Bárbara Fernández. La intención de este jardín tan pequeño fue crear un espacio de reflexión, contenido, para una sola persona. La idea formal era provocar que el visitante se sintiera relativamente aislado, pero que pudiera observar todo lo que sucede alrededor. Para FYJA 2018 se añadieron bancas con un diseño similar y los tubos fueron pintados por un artista del graffiti gracias a Promotora Bartola.
Huella del Pedregal
Fue creado por Tonatiuh Martínez y Hugo Sánchez de Entorno Paisaje.  Este jardín es una pequeña muestra de un ecosistema que se encuentra en la Ciudad de México pero al que muchos no tenemos acceso: la Reserva del Pedregal de San Ángel. Se buscó replicar un pedacito de esta reserva, un ecosistema único con un gran valor. Este jardín es un ejemplo del paisajismo naturalista y sustentable, donde domina la vegetación nativa y por lo tanto, de bajo consumo de agua y mantenimiento. Para FYJA 2018 se añadió un tecorral con vegetación representativa de la Reserva del Pedregal en la parte trasera del jardín.

 
Chiles Chapultepec
El concepto de crear un jardín de chiles fue de Ignacio Garza Medina, quien hizo posible este jardín en 2017, y fue diseñado por Diego Rodríguez de Iqunus Viveros. Para FYJA 2018 contó con una restauración de diseño y ejecución por la Sociedad de Arquitectos Paisajistas de México para mejorar el suelo y riego para los chiles a través de camas elevadas. Además se agregaron bancas para que los visitantes pudieran sentarse a disfrutar de la sombra del Ahuahuete y árboles que están alrededor. Esta restauración se pudo hacer gracias a Sabormex.

 

 
Refugio II
Fue creado por Fernanda Canales y Claudia Rodríguez. Para FYJA 2018, el Refugio cambió de lugar para llevarnos a conocer mejor el Jardín Botánico, y cambió también de forma para generar nuevas alternativas de uso, descanso, contemplación y juego.

 

Jardín de Dalias
Fue creado por la paisajista Fernanda Rionda de Jardín SustentableGuadalupe Treviño de Castro, presidenta de la Asociación Mexicana de la Dalia o Acocoxochitl y John Wheatley, miembro del consejo de la Royal Horticultural Society. Esta colección se inicia con 14 de las 41 especies que existen exclusivamente en México. Algunas son la base genética de las más de 50,000 variedades generadas en el extranjero.
 
Jardín de Polinizadores
El diseño es de Max Fernández y Patricia Contreras, quienes rehabilitaron este espacio en 2017 convirtiéndolo en un jardín medicinal interactivo. Para FYJA 2018 se reubicaron algunas plantas para darles más espacio, la mayoría se sembraron en el suelo (antes estaban en macetas), se restauraron las escaleras de piedra por Hugo Sánchez de Entorno Paisaje, y se enriqueció la paleta vegetal para dar alimento y protección a polinizadores. La nueva paleta vegetal fue creada por Paulina Vázquez, Ana Soler y Marcos Flores. También se construyó un hotel de insectos. 

 

 
Tlalocan
Fue creado por Daniel Gómez-Bilbao de Huatan. El Tlalocan en la mitología náhuatl, era el paraíso del Dios de la Lluvia, Tláloc. El espacio busca representar este jardín mítico, donde se pueden apreciar aromas, ruidos, colores y texturas en las especies seleccionadas especialmente para este proyecto, generando un microclima idóneo para que especies vegetales y animales pudieran convivir armónicamente. Para FYJA 2018 se incorporaron elementos decorativos como troncos y se vistió con nuevos elementos vegetales. Gracias a Huatan se pudo hacer la rehabilitación y el mantenimiento de este jardín.

Jardín Sensorial
Jardín Ganador del Tercer Concurso de Estudiantes FYJA
Fue creado por los ganadores del 3er Concurso de Estudiantes FYJA: Estefanía Sánchez Zúñiga, Belén Cortés Maldonado, Erlu Marem Cruz García, Berenice de la Rosa Cruz y Andrea Hernández Jaramillo. Estudiantes de Arquitectura de Paisaje y Biología, CU y FES Zaragoza, UNAM.
 
Agaváceas Mexicanas
Es un jardín creado por el Arq. Alberto Kalach y el Dr. Teobaldo Eguiluz en 2017. En esta colección de Agaváceas mexicanas están representados 4 géneros y 15 especies de agaves. México es centro de origen de la familia Agavaceae. Estas plantas dominan la mayor parte de los paisajes de México. Más de 100 especies de agaves o magueyes generan cientos de productos derivados de toda la planta, desde la raíz hasta la púas (aguamiel, pulque, tequila, mezcal, fibras para costales, telas y tapetes, así como jabón entre otros productos) por lo que se le conoce al maguey como "el árbol de las maravillas" desde la época prehispánica. Gracias a Casa Dragones se pudo llevar a cabo esta rehabilitación. 
 
Pradera
Es un jardín creado en 2017 por Fernanda Rionda de Jardín Sustentable. La intervención en el Jardín Botánico de Chapultepec marca el primer proyecto público del despacho utilizando plantas nativas, haciendo manifiesto que el futuro del paisaje en México debe orientarse a diseñar espacios públicos y privados sustentables que permitan el regreso de la naturaleza a la ciudad a través de la reintroducción de estas especies, en donde biodiversidad y vida humana convivan armónicamente. Gracias a Royal Holiday se creó Pradera.
URBE / Natura
Jardín Ganador del Primer Concurso de Estudiantes FYJA 
Fue creado en 2016 por Alexis Maya Hernández, César René Moreno Soto, Leonardo Gil Rojas Elías y María Gabriela Rojas Elías, alumnos de la Facultad de Arquitectura UNAM, gracias a la Fundación Seres.
Jardín de Cactáceas
En 2017, fue rehabilitado y acondicionado por la Escuela de Jardinería de Jardines de México, realizando una gran labor de rescate de las diferentes especies ya existentes, creando y logrando un diseño de texturas, colores y formas, que muestra la diversidad de cactáceas en nuestro país. Gracias a Jardines de México se pudo llevar a cabo esta rehabilitación. Para FYJA 2018, Ramón Pous Landa realizó en las jardineras de cactáceas la intervención artística "Improvisación Blanca".

Humedal Urbano
Fue rehabilitado en 2016 por Diane Minter y Juan Morales de Kailua Design gracias a la Fundación Seres

Jardín Nativo de Rocas
Jardín Ganador del Segundo Concurso de Estudiantes FYJA
Fue creado en 2017 por el ganador del 2o Concurso de Estudiantes FYJA, Adrián León Vázquez de la Universidad Nacional Autónoma de México. Este jardín está inspirado en la idea de crear un paisaje natural de aspecto silvestre en su mayoría con plantas mexicanas, para lograr un espacio armónico. Al colocar grandes rocas se crearon recorridos alternativos y opciones naturales para sentarse, recargarse, detenerse y contemplar el paisaje. Además de crear pequeños nichos ecosistémicos para avifauna, anfibios, reptiles e insectos de todo tipo. 
 
Humedal y Suculentas
Fue rehabilitado en 2017 por el Arquitecto Mario Eduardo Schjetnan gracias a la Fundación Seres. El Arq. Schjetnan diseñó el Jardín Botánico del Bosque de Chapultepec, el cual fue inaugurado el 12 de octubre de 2006. Para FYJA 2018 el humedal se enmarcó por estructuras geométricas que contienen suculentas diversas.
La Espina Dentro de la Flora de México
Fue creado en 2016 por Ken Drumbolis y Abraham Barrios gracias a la Fundación Seres. En este jardín se pueden apreciar diferentes formas, tamaños, colores y texturas de varias especies xerófitas provenientes de diversos ecosistemas de las zonas áridas y semiáridas de México como si se encontraran en su hábitat natural.
 
Invernadero de Manejo
Entre marzo de 2017 y junio de 2018 se construyó y acondicionó un nuevo invernadero de manejo en la parte donde se encuentra la zona de mantenimiento del Jardín Botánico para (1) integrar de mejor manera el espacio donde estaba antes el invernadero viejo, el cual parecía el "patio trasero" del Jardín Botánico y (2) mejorar la luz, otorgarle la requerida para un invernadero de manejo. El invernadero fue hecho de bambú y diseñado por Lucila Aguilar de la Lama y Jorg Stamm, acondicionado por Ángel Andrade Silva, curador del herbario de la Asociación Mexicana de Orquideología y la cerca, también de bambú, fue creada por Juan Manuel de Luna.